一般來說，當專利侵權案件進入法院階段時，法官通常僅就侵權議題做出判斷，被告也常於智慧財產局（專利局）提出「舉發」或無效專利的程序，依法律規定不同，法院可以自行決定是否等待舉發成立與否再行判斷侵權事實。
自己就曾經參與類似案件，該案經舉發成立後，侵權標的因為消失而結束法院程序；另曾經瞭解的案件是行政法院（非台灣智慧財產法院）自為判斷專利無效，而結束程序，被告可以另提舉發案而撤銷該專利；台灣97年上路的「智慧財產法院組織法」與「智慧財產案件審理法」相關規定，將來智財法院可以自行判斷專利有效性（法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷），這樣的權利可以避免訴訟一直在特定議題循環的問題，如在智慧財產案件審理法草案討論時也曾經提出：
...最大的問題就是有關智慧財產的民事、刑事案件，如果涉及權利有效性的爭執時，可以停止訴訟來進行行政訴訟，而行政訴訟目前只有撤銷行政處分的機制，如果是撤銷的話，還必須回到專責機關重新去做處分，所以，就會有不停循環訴訟之情況，因而造成民事、刑事都在等行政訴訟的結果...
智慧財產案件審理法：
第 16 條
當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷、廢止之原因者，法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷，不適用民事訴訟法、行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律有關停止訴訟程序之規定。前項情形，法院認有撤銷、廢止之原因時，智慧財產權人於該民事訴訟中不得對於他造主張權利。
日本最新判例（案號：2010da95390, 1/19/2012）決定最高法院（supreme court）可於審理專利侵權訴訟時，自為判斷專利之進步性而做出是否可於當庭主張專利權的決定。同時「廢除」先前1992年與2001年決定法院除了在無效判決以外「不能」否決專利權。
這個決定除了解決法院程序與專利權爭議的問題外，應該是要避免在專利權「明顯誤准」的情況下專利權人因為持有法律保障的排他權利的濫用
Ron
資料來源：HANYANG Patent & Law Firm，網路資料
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